米国军队的存在仍然是当地政治中的一个敏感问题，琉球人对日本政府、天皇（尤其是裕仁天皇）和美国军方常持公开批评情绪，他们多次举行抗议甚至拒绝唱日本国歌 [20][21]。多年来，日本天皇都避免访问琉球群岛，因为日本政府认为他的访问有可能会引起骚动，比如1975年7月当时的皇太子明仁访问冲绳时，独立活动家就曾向他扔燃烧瓶[22][23]。 6park.com
美军的犯罪行为也引发了独立的思潮。美军在冲绳完全不受法律制约，拥有治外法权，哲学家高桥哲哉引述一项统计指出，在1972年到1999年间，美军和关系人员在冲绳所犯下的案件共有4953宗，当中500多宗涉及杀人、性侵等[24]。1995年的强奸事件激发了琉球的民族主义浪潮。1996年，琉球独立运动家及诗人新川明写下一本叫《冲绳：邪恶的日本民族国家的对立面》，主张对抗日本中央政府和琉球独立[20]。 6park.com
1997年至1998年间，关于琉球独立的辩论显著增加，知识分子举行了激烈的讨论和座谈会，引发了全国的注目。 1997年2月，一名众议院议员向政府询问需要什么才能使琉球独立，政府回答因为宪法不允许所以不可能[25]。 曾长期担任冲绳市市长的大山长条写了一本畅销书《冲绳独立宣言》，并表示日本不是冲绳的祖国。 冲绳县治郎（市工会）准备了一份关于自治措施的报告。 一些人认为冲绳的自治和独立是对日本“结构性腐败”的反应，并提出行政分权的要求[20][25]。 6park.com
2002年，琉球大学和冲绳国际大学的宪法、政治和公共政策学者发起了一个项目“冲绳自治研究小组”，举办了许多研讨会，他们提出了三个基本路径； 1) 利用日本宪法第 95 条并探索权力下放的可能性 2) 寻求具有外交关系权的形式自治 3) 完全独立[26]。 6park.com
琉球自治甚至独立的话题在近年进入了主流政治里，自民党籍的冲绳县知事仲井真弘多因批出美军可在群岛扩建新军事基地许可，引发当地民众的反对，他也在2014年11月的选举中被以反普天间搬迁和冲绳自治为纲领的翁长雄志击败。翁长雄志就任后维持强烈的反美军基地立场，取消了前任允许新建美军基地的行政许可。自民党政府随后就翁长雄志此举向法院提起诉讼。日本最高法院于2016年底裁定翁长雄志取消行政许可的决定违法，翁长雄志和冲绳县政府一方败诉，美军可以扩充基地。翁长雄志随即表现打算在冲绳举行公投，由人民决定扩建新军事基地一事，他甚至暗示会举行类似苏格兰的独立公投，但由于中央政府的压力，到他离世前依旧没有成事[27][26]。 6park.com
2013年5月15日，冲绳县石垣岛出身的龙谷大学教授松岛泰胜和冲绳国际大学副教授友知政树等人组织发起成立独立组织“琉球民族独立综合研究学会”，探讨琉球独立的可能性，并只限琉球族人加入，拒绝日本人（大和人）加入。该学会是由琉球一些大学教授和政治家、社会活动家和市民团体成员组成，将探讨琉球独立的可能性。学会在研究他国独立经验的同时，也将寻找机会向联合国直接陈述独立的意愿。“琉球民族独立综合研究学会”于5月15日下午在冲绳县政府举行记者会，然后在冲绳的大学里举行成立大会[28]。独立理念是设定在“和平之岛”，思考成立东亚的缓冲区，来获得最大发展的可能性，这是首次以实际的利益分析来取得独立共识。[29] 6park.com
2015年1月，日本时报报导琉球大学教授松岛康胜及其他追求琉球自治的民间团体呼吁琉球群岛独立为自治共和国，虽然他指出许多人认为日本政府永远不会批准独立，但根据松岛的说法，由于联合国公民权利和政治权利国际公约关于自决，不需要日本的批准。 他的团队设想建立一个没有武装的中立国家，从奄美到与那国岛的弧线上的每个岛屿都可以决定是否加入[30]。 6park.com
日本本土人民和冲绳人也有长期历史构成的民族主义情绪偶尔可见，当地报纸和民间都以“大和人”称日本其他地方人，而自称冲绳人，而日本本土国民对其也有“土人”（没知识的原住民）甚至中国人等认知，多次抗争中日本从本土调来镇暴警察，以防止当地警察对当地人有同情因素，2016年10月的一次抗争当中，从大阪调来的镇暴警察，对群众大骂：“白痴！土人！”、“支那人闭嘴！”造成轩然大波，事后中央政府则灭火缓颊称“无法判断土人有歧视意涵”。[31]警方在2016年10月以毁损逮捕了冲绳和平运动中心议长，反基地运动头领之一65岁的山城博治，声请羁押而在羁押期满后，又以妨害业务罪嫌再次逮捕声押，透过技术手段延长羁押期达到长期关押目的，引发了种族歧视执法的不满，双方斗争至今没有降温趋势。 6park.com
2018年4月19日，在美国纽约联合国总部召开的第17届原住民问题论坛会议上，主张“冲绳独立”的日本“琉球民族独立综合研究学会”成员亲川志奈子提出，日本政府应该承认拥有固有文化的冲绳人是“原住民”，还呼吁解决驻日美军基地集中于冲绳的问题。主张琉球曾是“独立国家”，但在1879年被日本“侵略”，如今依然苦于“殖民地化和军事化”。她还介绍情况称，因1920年代有研究者从冲绳的墓地取走人骨带到县外的大学，正在要求归还，琉球民族遗骨返还研究会亦因此成立。此外，她还表示，美军基地的存在引发了对女性的性暴力和儿童的教育环境的威胁[32]。

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