自从世界进入核时代以来，作为距离最远、速度最快的投送工具，弹道导弹技术不断发展，射程、精度和突防能力不断提升，核武器巨大的蘑菇云似乎离人们越来越近，因此，以美国为代表的世界军事强国一直不遗余力地研究弹道导弹防御技术，研制能够拦截弹道导弹的武器系统。那么这种系统的用途究竟是什么？面临的难题在哪里？本文将予以解读。
使命和用途
顾命思义，所谓海基弹道导弹防御，就是在海上进行弹道导弹防御，负责探测、跟踪和锁定目标的侦察情报传感器系统，负责拦截来袭弹道导弹的武器系统，乃至负责指挥控制整个作战过程的指挥控制体系，都放到了海上。虽然不是在陆地上，但基本的使命都是一样的，那就是拦截弹道导弹，这一点和第一次海湾战争中美军用“爱国者”导弹拦截伊拉克的“飞毛腿”弹道导弹没有什么区别。
尽管如此，要解释清楚海基弹道导弹防御的具体使命和用途，首先要说明海基弹道导弹防御的特殊性。一是作战环境的特殊性。海基弹道导弹防御处于海洋环境，拦截弹道导弹实际上是海上对空作战，海况、气候、水文、地理因素对整体作战过程有很大的影响，海基平台承载能力有限，因此和陆基弹道导弹防御相比，海基弹道导弹防御对装备和技术的要求更高，这也是发展上陆基在先、海基在后的重要原因。
二是作战目标的特殊性。海基弹道导弹防御系统要拦截的是越过海空打击陆上或者海上目标的弹道导弹，这些导弹可能以岛礁军事设施为目标，可能以大型海上平台（如航空母舰或者钻井平台）为目标，也可能以数千乃至一万千米以外的敌国本土的大城市为目标，这些导弹和单纯地面作战中的导弹在突防力、打击力和精度上都有很大的不同。
三是强大的机动和生存能力。这也是海基弹道导弹防御最鲜明的特点，海基平台的移动性使其防御覆盖范围可以随时调整变化，而且部署上较少受政治因素影响，和陆基系统相比，海基系统生存能力要强得多，这也是近些年来，海基弹道导弹防御逐步走上弹道导弹防御领域前台的重要原因。
从上述特殊性考虑，海基弹道导弹防御体系的使命主要有两类，一是拦截敌方弹道导弹，阻止其攻击陆上和海上目标。这些弹道导弹可以是射程为数百千米的近程弹道导弹，用于世界关键水道的目标攻击，例如波斯湾和霍尔木兹海峡、南中国海和马六甲海峡、台湾海峡等，它们可以携载核或者常规弹头；也可以是用来攻击航空母舰之类大型海上平台的反舰弹道导弹，其射程可以达到1000千米以上，此类射程的导弹也可用来对岛屿军事基地实施攻击；也可以是携载包括核武器在内的大规模杀伤性武器的中远程和洲际弹道导弹。二是实施海基太空战。对敌方卫星实施攻击，破坏其近地轨道的使用。鉴于海基弹道导弹防御系统能够拦截大气层以外飞行的弹道导弹，那么用来对近地轨道的卫星实施攻击就是其自然而然的衍生品了。对卫星的攻击，会破坏敌天基侦察预警、指挥通信和引导定位系统，从而对敌方现代化精确制导作战的基础进行致命性的打击。2008年2月21日，美国海军利用“宙斯盾”弹道导弹防御战舰在西北太平洋海域发射1枚“标准3”型导弹摧毁了1颗失控的美间谍卫星，就是最好的例子。
困难和问题
尽管美国海基弹道导弹防御的发展已经有二十多年的历史，但实现真正有效而可靠的作战能力并非易事，可以说“宙斯盾”系统和“标准”-3拦截弹远远没有达到陆基“爱国者”-3末段拦截系统那样成熟的程度。从目前世界范围海上作战武器装备发展的情况来看，海基弹道导弹防御体系仍然面临以下困难和问题。
技术成熟度。美国专家和智库认为中国的“东风”-21D反舰弹道导弹可能会终结美国航母在海上肆无忌惮的历史，但要真正击沉航母——海上移动目标，将面临巨大的困难，关键在于航母是航速达到30节的海上机动平台，首先如何探测、定位、跟踪就是一个大难题，超高音速飞行的弹道导弹在末端如何导引也是一个大问题。弹道导弹攻击尚且如此，海基弹道导弹防御在技术远远没有达到人们预期的程度。
美国海军现有的“宙斯盾”弹道导弹防御系统并未像“爱国者”导弹那样经受过实战拦截的试验，现有的几十次试验主要是中段拦截试验，末段拦截试验较少，助推段的拦截还处于研究阶段，在应对多弹头、变轨和诱饵等弹道导弹突防技术上仍然相当不足。因此，海基弹道导弹防御拦截突防能力强的中远程弹道导弹的效能仍有待验证。当然，作为战略手段的海基弹道导弹防御也可能会和战略核打击力量一样，陷于“只威慑而不用”的处境。
多功能与专业化。谈到海基弹道导弹防御，人们往往聚焦其拦截各种射程弹道导弹的效能。但有一点是不能忽视的，就是该系统与陆基反弹道导弹系统的不同。陆基系统往往是任务单一的，专司弹道导弹拦截，而海基弹道导弹防御的平台，往往而担负着战术防空、反导、反潜、反舰甚至反水雷等作战任务。这里涉及到多功能与专业化的问题。
一艘战舰上所能承载的装备是有限的，当专注于弹道导弹的探测、跟踪和拦截时，这艘战舰可能就无法执行其它任务，这首先会影响整个联合作战的效能，其次也会导至该舰的防御能力大幅降低。这似乎是一个久远的悖论，太平洋战争中南云忠一就把日本航母降低到了最脆弱的状态。因此，海基弹道导弹防御必须高度重视多功能与专业化的问题，必须做好弹道导弹防御与其它作战任务之间的统筹，避免战时出现灾难性的后果。
数量与成本。海基弹道导弹防御可以说是高端的“发烧友”级武器。简氏国际2011年12月报道，美国海军准备建造首艘Flight III型“阿利·伯克”级弹道导弹驱逐舰的成本将在30亿至40亿美元之间。再加上与之配套的“标准-3”系列导弹以及陆基、海基的X波段探测雷达，乃至天基的探测系统，整个海基弹道导弹防御体系的构建需要惊人的成本。
美国海军需要“宙斯盾”导弹驱逐舰不仅仅是因为全球弹道导弹防御任务，更是因为军种本身的制空、制海和反潜等作战需求，因此需要相当数量的此类战舰。美国各个战区联合作战司令部在弹道导弹防御上对这种战舰也有很高的需求，也需要相当数量的“宙斯盾”战舰。这个时候，数量与成本之间的矛盾会突显出来，如何在作战需求、装备数量之间取得平衡，不仅是事关作战效力的重大问题，也是一个重要的防务经济问题，对任何国家都是如此。