在长达1500年历史中，少林寺遭遇过很多次劫难，古代封建时期，每逢一个朝代没落，地方政府的控制力减弱，民不聊生之时，少林寺就很难独善其身。如果碰到大规模的流寇，寺里的僧众往往会逃散，建筑被毁，也是常有的事。而在所有的劫难当中，1928年军阀石友三火烧少林寺，或许是最严重的一次。

在长达1500年历史中，少林寺遭遇过很多次劫难，古代封建时期，每逢一个朝代没落，地方政府的控制力减弱，民不聊生之时，少林寺就很难独善其身。如果碰到大规模的流寇，寺里的僧众往往会逃散，建筑被毁，也是常有的事。而在所有的劫难当中，1928年军阀石友三火烧少林寺，或许是最严重的一次。

▲少林寺山门。

▲少林寺外墙门。

▲少林寺中韦驮像。
1926年，北伐战争开始了。樊钟秀的队伍被划到冯玉祥的第二集团军，跟着冯玉祥打了不少仗。1928年3月，北伐战场主要在山东和京津冀一带，战况十分激烈，冯玉祥不得不把所有能调动的军队全部拉上前线。河南出现空虚，很多城市只有数百人防守。正是在这种情况下，樊钟秀接受了奉系的收买和策反，在河南聚集五万军队反叛了。很快，樊钟秀的军队攻下了十几个县城，并包围洛阳、禹州、登封和孝义兵工厂。
冯玉祥在前线获胜后，调集石友三和宋哲元两支军队镇压樊钟秀叛军。宋哲元和石友三都是冯玉祥手下数一数二的悍将，打樊钟秀还是很轻松的，很快就解围洛阳、登封。在樊钟秀造反的过程中，少林寺保寺团也参加了，而且樊钟秀的指挥部就设在少林寺。
火烧少林寺原因 
当石友三的部队打入樊钟秀设在少林寺的指挥部的时候，樊钟秀的指挥部已经撤离，寺内的和尚也跑光了。石友三一怒之下就烧了法堂。
至于少林寺主持妙兴，他为了保护少林寺，投靠了吴佩孚，做了团长。1926年7月吴佩孚联合张作霖攻打冯玉祥，被北伐军击败。妙兴亦在1927年3月6日，在与任应岐部交战中阵亡，年仅37岁。
1928年3月15日，石友三进驻樊钟秀设在少林寺的指挥部，纵火焚烧法堂。有指北伐士兵和部分佃农当时对少林寺心怀怨恨。次日，驻防登封的国民军苏明启旅长，命军士抬煤油至少林寺中，将整个少林寺付之一炬。天王殿、大雄宝殿、藏经阁、钟楼鼓楼等重要建筑，都陷入火海之中，大火烧了40天，只剩下几根石柱遥望苍天。一大批珍贵文物及5480卷藏经化为灰烬。
之后的数十年，少林寺虽然有重建，但规模不大，住寺僧人也不多。60年代，少林寺成为河南省文物保护单位，“文革”后，少林寺获得大规模重建，现存少林寺建筑当中包括著名的大雄宝殿、达摩面壁石等均属仿古重建建筑，但一些地方如古代练武场、塔林及部分石刻仍属于古代的原物遗存。