二战期间，纳粹德国为了对欧洲的犹太人进行大规模屠杀，党卫军建立了专门或主要用毒气来“清除”关押者的灭绝营。特雷布林卡便是这些灭绝营之一，也是纳粹德国臭名昭著的“莱因哈德行动”有关的三个营地之一，其他两个为索比堡和贝乌热茨。“莱因哈德行动”计划就是要杀害生活在德国占领的波兰领土上将近200万的犹太人。



特雷布林卡灭绝营于1942年7月正式运作，距离特雷布林卡劳工营大约1英里。在特雷布林卡灭绝营纳粹大约杀害了92.5万犹太人以及数目不详的波兰和苏联战俘，是杀害犹太人仅次于奥斯维辛的灭绝营。
“莱因哈德行动”时纳粹德国选择特雷布林卡灭绝营所在地，是因为这里位于特雷布林卡和马利基尼附近人口稀少的地区，大约在华沙东北50英里的森林当中。
1941年11月，在党卫军和华沙地区警察局长的主导下，纳粹在这里建立了一个让犹太人强制劳动的营地，被称为特雷布林卡，后来被称为特雷布林卡一号营地，也是党卫军和警察当局用来惩罚那些非犹太波兰人的“劳动教育营”。这些被关押在特雷布林卡一号营地里的囚徒被迫从事劳动，大多数是在附近的采石场里工作。



1942年7月，莱因哈德行动开始后，纳粹完成了灭绝营的建设，这个灭绝营被称为特雷布林卡二号营地，距离劳工营大约1英里。当特雷布林卡灭绝营开始运作的时候，另外两个莱因哈德行动的杀戮中心索比堡和贝乌热茨也同时运作了起来。
特雷布林卡灭绝营位于马利基尼-谢德尔采铁路线旁的波兰村庄瓦尔加.奥克拉吉力克附近。德军在这里专门修建了一条铁路支线，从特雷布林卡劳工营通往杀人中心特雷布林卡灭绝营，并与马利基尼车站相连。特雷布林卡灭绝营所在的位置，四周森林密布，从外面根本无法看见。
整个特雷布林卡灭绝营呈梯形布置，周围密布的铁丝网被覆盖上了树枝进行伪装，使得人们从外面无法看到营地。在营地的四角沿着围墙设立有高达26英尺的瞭望塔。



特雷布林卡灭绝营分为三个部分：接待区、生活区和杀戮区。生活区包含纳粹工作人员和警卫队的住房，还设有行政办公室、医务所、储藏室和车间。在里面还设有一个区域，用来收容用火车运送到这里的犹太人，强迫他们进行劳动来支持灭绝营的最主要功能：大屠杀。
特雷布林卡灭绝营的看守是由一小部分纳粹党卫军和25-35岁的警察官员以及一个90-150人组成的辅助卫队管理。辅助卫队全部由前苏联的各种战俘组成，因此在选择的时候主要为乌克兰平民。这些人全部在特拉维尼训练营接受党卫军和警察的特殊训练。
特雷布林卡灭绝营的指挥官从1941年2月7日至1942年8月是由党卫军中尉昂费耶.恩贝尔担任，1942年8月至1943年8月则由党卫军第二突击队长弗朗茨·施坦格尔担任，1943年8月至1943年11月由党卫军中尉库尔特·弗朗茨担任。从1941年到1944年，整个特雷布林卡灭绝营的党卫军指挥官为西奥多·范·欧彭上尉。特雷布林卡灭绝营的指挥官直接向负责“莱因哈德行动”的纳粹当局汇报，而特雷布林卡劳工营的指挥官则隶属于华沙党卫军和警察局。



运载着将被杀害的犹太人的火车首先在马利基尼火车站停了下来。每次从火车上卸下20辆卡车的犹太人送进特雷布林卡灭绝营。警卫命令受害者在铁路边等待，并要求他们交出个人所有的贵重物品。在特雷布林卡灭绝营受害者的“接待区”这些犹太人被要求脱光所有的衣服，这些物品最终将从卢布林运往德国。
在接收区通往杀戮区的毒气室的入口是一条伪装起来的小路。受害者被迫沿着这条小路光着身子走进被贴着“淋浴”标签的毒气室。将大门封闭后，安装在建筑物外部的引擎将大量的一氧化碳泵入毒气室，最终将所有的人杀害。从犹太囚徒中选出的“特遣队”在杀戮结束后，进入毒气室工作，将所有的尸体从毒气室移出，最初将他们埋葬在了万人坑。在1942年末到1943年末的时候，因为埋葬的尸体太多，“特遣队”不得不将已经掩埋的尸体挖出，放在由铁轨制成的焚烧架上进行焚烧。



这些被选入“特遣队”暂时存活下来的犹太囚徒，会定期遭到德军看守的杀害，从而在下一批新到达的犹太人中选出他们的替代者。那些身体虚弱被认为没有利用价值了的“特遣队员”被送进一个伪装成医院的区域，在那里党卫军和警察对他们开枪射杀。
被送往特雷布林卡灭绝营的犹太人主要来自华沙和拉多姆地区的犹太贫民区。从1942年7月下旬到9月9日之间，纳粹将约265000名犹太人从华沙的贫民区驱逐到了特雷布林卡灭绝营。1942年8月至11月11日，纳粹又将34.6万名犹太人从拉多姆地区驱逐到了特雷布林卡灭绝营。1942年10月到1943年2月，纳粹德国将阿里斯托克地区的11万犹太人驱逐到了特雷布林卡灭绝营。另外特雷布林卡灭绝营还从卢布林地区接收了至少33300名犹太人。



大规模的驱逐屠杀一直持续到了1943年5月，在那之后，一些零星的运输工具不断抵达。从1942年秋天开始，特雷布林卡灭绝营根据卢布林的命令，开始从万人坑中挖掘尸体进行焚烧，以消灭大规模屠杀的证据。这项工作由犹太囚徒被迫进行，一直持续到了1943年7月。
犹太囚徒在1943年初的时候在特雷布林卡灭绝营组建了一个抵抗组织。当营地屠杀接近完成的时候，囚徒们担心他们会在灭绝营摧毁前遭杀害，于是在1943年夏决定举行起义。
1943年8月2日，囚徒们从营地的武器库中悄悄地搞到了武器，但在接管营地前被看守发现。数百名囚徒冲向大门，企图逃跑。许多人被机枪扫射而死，不过还是有300多人当时逃脱。不过这些逃脱者中三分之二的最终被纳粹找到并杀害。根据卢布林的命令，纳粹党卫军和警察监督剩余的囚徒进行了灭绝营的拆除工作，在完成这项工作后，党卫军和警察开枪杀害了剩余的囚徒。



纳粹德国是在1943年秋下令拆除特雷布林卡灭绝营的。从1942年7月下旬到1943年9月，纳粹德国在特雷布林卡灭绝营杀死了大约92.5万犹太人，以及数量不明的波兰人、罗姆人和苏联战俘。
1944年7月下旬，随着苏联红军进入该地区，党卫军看守杀害了最后剩余的300-700名囚徒，并迅速拆除了相关设施后撤离了营地。1944年7月末，苏联红军占领了特雷布林卡劳工营和灭绝营。