26号晚，伊藤博文在广岛行宫求见明治天皇，上一疏，文曰：
“由于此次凶变，帝国不得不立于甚为困难之境地。清国却因此而得到最好的口实，清使或将立即归国。而当其向各国哀诉时，各国将向彼表示同情，难保不转而联合对我方施加压力。果真如此，则帝国威严必将大为丧失。为避免各国联合干涉，今日善后之计，唯有与清使继续商谈，满足其停战要求。”
  天皇立刻批准了伊藤和陆奥两人的立即停战方案。
  30号，在接引寺，李鸿章的病榻前，签订了《日清停战协定》，该协定规定北面战事一律停止，南面台湾战事不在停战范围内。停战时间是三周，即到1895年4月20号为止。如在停战期内和谈破裂，则《停战协定》也就终止。
    4月1号，以李径方为主谈判代表出席会谈，又在春帆楼举行。李径方再三要求日方出示和谈条款，日方百般拖延，日方又提出将和谈条款逐条出示讨论。为李径方拒绝。李说，和谈条款只有全部出示，才能统筹考虑。否则不知其他条款，怎能对某一条款作答？又举出欧几里德理论，说：“诚如欧几里得所说：‘凡事物均由部分组成，若不就其总体考虑，无从决定其部分。’和约各款相互牵连，今不阅读全部条款，如何能逐条表明意见。”陆奥理屈，只得同意全部示出，但又说，条款一旦出示，清方需在三天内答复。
当天下午两点钟左右，日方将合约条款送到接引寺中方代表团手中。李鸿章带上老花镜，坐在病榻上展读，少许感觉体力不支，交由李径方诵读。日方条款主要内容有：
一、清政府承认朝鲜为独立自主的国家；
二、中国将盛京省(今辽宁省)南部地方、台湾全岛及澎湖列岛永远让与日本；
三、赔款三亿两；
四、开顺天府、沙市、湘潭、重庆、梧州、苏州、杭州七处为商埠。
李鸿章听完老泪横流，试想，李鸿章真是不容易，73岁高龄，又带着未愈枪伤听着这样让人伤心的条款，其心情，其状态可想而知。
李鸿章一时无措，派人请美国人科士达来商量，科士达建议：“目前唯一的办法是请总理衙门密告英、法、俄三国公使。”。
李鸿章同意科士达的意见，当天打电报给总理各国事务衙门。电文称：
“日本所索兵费过奢，中国万不能从，且奉天为满洲腹地，中国万不能让。日本如不将拟索兵费大加删减，并将拟索奉天南边各地一律删去，和局必不能成，两国唯有苦战到底。此事请密告三国公使。
电报到京，光绪皇帝和在京重臣乱了阵脚，纷纷谴责，认为日本所求太过，万难应允。但又拿不出好注意，所以一时不能回复李鸿章。包围中皇帝身边的都是拒绝派，主和派都去找病中的恭亲王奕䜣求援。军机大臣中只有孙毓汶对奕䜣说：“以我看来，必须‘和’，‘战’字不能再提。”奕䜣病重，拉着孙毓汶的手说一声“是”，表示赞同。
三日时间已到，李鸿章得不到北京的回复，只得按自己的主见回复日方。除同意朝鲜自主独立外，其他条款都有辩驳。看到李鸿章的帖子，伊藤火了，心想，你以为你是谁啊！你个战败国的代表，有什么资格来反驳战胜国的要求。他对陆奥说：“如果不给予彻底反驳，使其迷梦觉醒，则对方终究不能了解目前自己所处的地位，将续作痴言哀诉，徒使谈判延长。”
陆奥也接腔道：“论驳之端切不可开，与其空论，不如在事实面前使他们就范。”
伊藤说：“那么就此照办吧。”
4月7号，李径方代表李鸿章与日方会谈，李提出日方要求的赔款太多，割地太多，请日方酌减。日方口头上说，难以再减。并威胁说，如果和谈破裂，停战时间一到，日军就将大力进攻直隶地面，兵临北京。
4月10号，中断数日的谈判又在春帆楼举行，李鸿章伤情好转，亲临会议。见面后互致寒暄。李鸿章表示感谢日本佐藤医生高超的医术，感谢日方给予的关照。伊藤说：　
“停战多日，期限很短，和款应从速定夺。我已备有改定条款节略，以免彼此辩论，空过时光。”
日方拿出了修改后的和约条款。日方上次虽说口头强硬，但这天拿出的条款，还是对最初的条款做了一些让步。割地条款内去掉了宽甸县，赔款条款内将赔款三亿两白银变成了两亿俩白银。质地内去掉了奉天省。
李鸿章提出两亿俩白银太多，清国无法还清，就是想借外债还，也不容易，要求再减。伊藤说不能再减。中国地大物博，还这些钱没问题。双方争执不下。
 李鸿章见谈不下去，只得转换话题，谈割地一节。李说，营口不能割，营口是港口城市，要还战争赔款，口岸税的收益是很重要的，如果港口割走了，没有了税收，赔款怎么还？伊藤则坚称，营口以北的地以退让，营口绝不能再让，中国有很多口岸可以还款，不在营口一处。
李鸿章又说，台湾目前没有战事涉及，所以不能先割让，台湾不能再次议中提及。伊藤一听非常恼火，回答说，如此说来，我国现在就去攻打台湾。李鸿章说，台湾大都是未开发的土地，民风彪悍，不容易攻取，上次法国就没成功。伊藤说，我国士兵能吃苦，不怕困难，一定能攻下台湾。并威胁说，昨晚，已有20艘舰船已经开锚起航，开赴天津不远的地方，只是因为和谈，未动手，一旦和谈破裂，绝不犹豫。今日之事，中堂只需回答“允还是不允”而已。
 李鸿章舰伊藤不肯退让，只得要求延至14日下午给予答复。会谈于下午6点30分结束。当天李鸿章发给总理衙门的电报这种有如下一段文字：
：“日本骄横已极，限期三天答复。倘不准，即派兵到前线。鸿力竭计穷，恳速请旨定夺。”
4月11日，朝廷答复道：“倭贪图台湾矿产，或者许倭以矿利，而土地人民仍归我有。”李鸿章一看，知道说不成，乃复电说：“倭垂涎台湾甚久，似非允以矿利能了事。”
李鸿章与北京大清朝廷之间函电交驰，商讨允否。这期间，伊藤也两次致函李鸿章明确告知，已经让到极限，不能再让，14号下午，如清方不能给予答复，即认为清方放弃和谈。李鸿章焦虑，唯恐和谈之事毁于一旦。再致电北京，候旨。

14日，李鸿章终于得到北京方面的电报确认，电云：“原冀争得一分，有一分之益。如竟无可商改，即遵前旨，与之定约。”。收到此电，李鸿章才敢决断了。
15号，双方再次举行会谈，李鸿章本着“原冀争得一分，有一分之益”的原则会谈中大打友情牌，大打哀情牌，多番强调与伊藤博文的友谊，多次强调此和平条款一旦公布，不将使自己陷入万劫不复的地步。条款上又锱铢必较，一条一条的扣，一点一点的扣。逼迫日方在诸多细节上做了让步。
李鸿章说：“无论如何，总请再让数千万，不必如此口紧。”
伊藤则坚持不肯：“屡次说明，万万不能再让。”
李鸿章说：“如此口紧，将来必当记及。”
伊藤说：“我与中堂交情最深，故已多让，国人必将骂我，我可担肩。请于停战前速即定议，否则索款更多。”
李鸿章说：“又要赔钱，又要割地，双管齐下，出手太狠，使我过不去。”
伊藤答说：“此战后之约，不如一般交涉。屡次言明，此系尽头地步，一点也不能改。”
李鸿章说：“我并非不定约，不过请略减，如能减即可定约。此也是贵大臣留别之情，将来回国我可时常记及。”
伊藤答说：“前所减之数，即为留别之情。初约本不愿改，因念中堂多年交情，故减一万万。
李鸿章请求说：“赔款既不肯减少一点点，利息总可以免了吧。”
伊藤答道：“三年内还清，利息可全免。”
 
对第八款关于中国支付威海卫留兵费用的问题，
 
李鸿章说：“前英法亦曾驻兵，我国皆未偿费。”
 
伊藤答说：“驻兵偿费，欧洲通例。”
 
李鸿章说：“既已割地，又赔兵费，而且加息，留兵之费应在赔款内划去。”
伊藤答说：“赔款乃战事所用之费，留兵之费又是一事。”
李鸿章说：“中国认不起。”
伊藤答说：“此照欧洲通例。”
李鸿章说：“现谈亚洲，不谈欧洲。英法于同治初年留兵大沽，中国未给兵费。本约皆已全允，些许小事何不相让?”
伊藤只得说：“那么一年之费不计吧。”
 
然后，李鸿章又谈了划界问题，要求以河中央划界，伊藤同意。
 
这样，和平条款就算是谈好了。条约主要内容是以下五大条款：
 
一、中国承认朝鲜为独立自主国家；（这一条，后来被一些朝鲜人认为是国家独立的标志）
二、中国割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属各岛屿给日本；
三、中国赔偿日本军费2亿两库平银，该款分八次交清；
四、日本臣民可以在中国通商口岸任便开厂，各项机器进口只交所定的进口税；
五、开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠。

这天谈的很晚，直到掌灯十分。双方约定，4月17号签约，5月8号在烟台换约。
 
请注意，台湾是在日军还没有占领的情况下割让给日本，日本后来派兵去台湾，等于是去接收，可以说是“名正言顺”。台湾军民的抵抗很激烈，这是后话。
 
后 续
和平协议实现了日本通过战争掠夺资源、资产的目的。全国上下喜气洋洋，陆奥宗光写到：“媾和条约的签订，我国得以发扬国辉，增进民福，在东亚天地间再开太平盛运，这全靠我皇上的德威。”
 
大清使节团各个垂头丧气，心情沉重。北京的光绪帝哀坐沉思，面对总理衙门拿来的和平条款文本，三次拿笔，三次放下。最后在军机大臣孙毓汶的催促下，签下了字。用了皇帝御宝。
 
 
公车上书—— 一个特殊时代的开始
   公车上书，开启了平民参政，思想开放，各种思潮泛滥的时代。自春秋算起，三千年来，又一个思潮、言论百花齐放的时代。李鸿章称作：三千年未有之变局。也因此产生了后来的“五四运动”和“中国共产党”。
 
  “公车”二字，在汉代，是指信访机构，相当于现在的信访局。后来又演变成了专指进京赶考的举子。
 
   当《马关条约》签字的消息传来，其条款内容很快就被士大夫们所知，舆论为之大哗。当时乙未科的进士刚在北京会考完，等待放榜。这个消息如同原子弹爆炸，把大家都震懵了。尤其是台湾籍举子，更是痛哭流涕。突然间家成了日本人了，一时间群情激愤。
 
   广东举子康有为连夜写成了一万八千字的“上今皇帝书”。书中提出“拒和、迁都、变法”，并进一步建议说：“下诏鼓天下之气，迁都定天下之本，练兵强天下之势，变法成天下之治。”。康有为的“上今皇帝书”。此举史称“公车上书”。
 
   此后，康有为及其同道者，在北京、上海等地发行报纸，提出“变法图强”宣传维新思想。由此发展为后来的“戊戌变法”（又称“百日维新”）。
 
三国干涉还辽
 
   《马关条约》条款中涉及东北的条约惹恼了俄国，俄国在就对东北垂涎已久，只是没找到机会。现在如果辽南被日本占去，那就等于侵犯了俄国潜在的利益。因此俄国十分不乐意。如果，她能帮着大清要回辽南，成了大清的救星，将来在找大清要求在东北的利益，将会获得大清的首肯。因此拒绝日本的态度比较积极。
 
   德国由于受到俄法两国联盟的影响，在欧洲比较孤立，也愿以借此机会支持俄国，拉近与俄国的关系，从而抵消一些俄法联盟的影响。
 
   条约在商谈期间，大清国的总理各国事务衙门就已经了解条约内容，协调三国制衡日本的策略已经在三国中酝酿。因此，17号签约，23号，德俄法三国驻日公使就联袂向日本政府递交了一份照会，照会称：
“今日本国割占辽东，既有危害中国之首都之虞，也让朝鲜国之独立有名无实，有碍维持远东之和平，故今劝谕贵国确认放弃占领。”
 
并要求15日内答复。
 
 
同时德国外交大臣马沙尔同其驻日公使哥特斯米德发出电训：“现在日本的和平条约(指《马关条约》)损害了欧洲和德国的利益，尽管后者的范围尚小，我们不得不抗争。日本必须让步，因为对三国斗争是没有希望的。”
 
 
4月24日上午，就三国照会之事在广岛天皇行宫召开御前会议，参加会议的只有内阁总理伊藤博文、陆军大臣山县有朋和海军大臣西乡从道。伊藤博文将问题归纳为三个选择供大家讨论。
 
一，断然拒绝俄、德、法三国之劝告；
二，召开国际会议，将辽东半岛问题交该会议处理；
三，接受三国劝告，将辽东半岛还给中国。
 
会议上由伊藤博文首先提出议题然后那两位发表评说。伊藤说：“如采取第一个方案，与三国开启战端是否确有把握?” ，
 
大家没人说话，出现片刻沉默，伊藤接着自问自答的说：“无论如何，现时是不可能的，因为他们的舰队有12万吨，我方的舰队只有8万吨，而且一年来在海上作战大部分受了伤。”